潔凈空調系統和一般空調系統相比，在冷、熱、加濕源的選擇上是有區別的，因為潔凈空調系統的溫度、濕度、潔凈度等參數是根據生產工藝的需要提出來的，因此在冷、熱、加濕源的選擇上應以滿足生產工藝的需要為前提，再根據工程所在地的具體情況進行比較，選擇比較經濟、高效的制冷機、加熱形式和加濕形式。
一、冷源的選擇
冷源有電制冷冷水機組、溴化鋰吸收式制冷冷水機組和天然冷源（免費冷源）。
1.電制冷冷水機組
電制冷冷水機組的壓縮機有往復式（活塞式），螺桿式（分單螺桿、雙螺桿），離心式（有單級離心式、三級離心式和雙機頭組合式），渦旋式（有單機頭和多機頭模塊式）等。電制冷冷水機組的冷卻方式分水冷和風冷兩種。
選擇電制冷機時要考慮工程所需的冷量、制冷機的效率等因素。電制冷機的制冷劑有多種可選擇，應盡可能選擇高效、環保的制冷劑。
潔凈空調系統選擇電制冷冷水機組時，一般情況下要求供、回水的溫度為：出水溫度7℃，回水溫度12℃。當室內設計參數中的溫度和濕度偏低時，要求冷水機組進出水的溫度進行調整，出水溫度由7℃調整到5℃，回水溫度調整到10~12℃。要注意，當進出水溫度進行調整時，制冷機的制冷量也要進行調整，出水溫度低了，制冷量也降低。在選擇制冷機時要適當放大制冷機的型號。
也有采用直接蒸發式制冷形式來滿足室內偏低的溫濕度要求的做法，就是將蒸發器直接裝在空調箱里對空氣進行冷卻和去濕。這種做法中要注意的是，當蒸發器表面濕度低于0℃時會結霜，如果結霜就要有化霜的時間，在化霜期間空調系統的送風溫度會發生變化，就不能滿足室內的溫濕度的要求。直接蒸發式制冷的方式只有在保證蒸發器表面不結霜的情況才可使用。還有一種情況就是潔凈室經常在冬季要求供的是冷風，這是因為潔凈室很少有外墻和外窗直接作為潔凈室的圍護結構，因此建筑造成的熱負荷量很小，再加上工藝設備的發熱量，形成了冬季要求供冷的情況。而采用電制冷機時，對冷卻水的水溫除了最高有限制外，對最低也是有限制的。一般情況是最高不超過37℃，而最低限制則各種品牌的機器要求不同，一般為13-19℃。全年運行制冷機在一年中空氣濕球溫度低于13~19℃的時間很長，此制冷機要啟動必須要有措施，使冷卻水的水溫保證不低于低溫限制，如將冷卻水供回水管進行旁通，利用制冷機和水泵的發熱量對冷卻水進行加熱或用蒸汽、電加熱對冷卻水進行加溫等。
2.溴化鋰吸收式制冷冷水機組
溴化鋰吸收式冷水機組有燃氣、燃油和利用余熱、蒸汽、熱水等幾種形式。溴化鋰吸收式冷水機組的制冷效率比較低，當工程所在地有余熱可利用（如有火力發電廠的蒸汽尾氣等），或者工程所在地電力資源缺乏而燃氣和燃油很充沛的情況下選擇溴化鋰冷水機組是合適的。溴化鋰吸收式冷水機組在一般情況下出水溫度會比電制冷機高一點，近幾年隨著溴化鋰吸收式制冷機制造技術的改進，出水溫度也能做得較低。溴化鋰吸收式制冷機要保持出水溫度穩定而制冷量不下降，需要更好的維護和保養，同時在選擇溴化鋰吸收式冷水機組時要注意冷卻水的出水溫度較高，選擇冷卻塔時要求降溫的溫差較大，應該選用中溫冷卻塔。
3.天然冷源（免費冷源）
天然冷源適合于春秋季和冬季也需要供冷的潔凈空調系統。天然冷源可以是大氣，也可以是江河水、自來水和經過冷卻塔冷卻的循環水。當室外溫度低于室內溫度時，室外的空氣就可以被用來減少人工制冷的冷量。室外氣溫越低，人工制冷的制冷量越低，甚至可以完全利用室外空氣作冷源，這要做詳細的計算。如果在潔凈空調系統里利用室外空氣作冷源，必須對室外空氣進行過濾。空氣過濾的成本和人工制冷的成本要進行比較，在合理的情況下，可采用室外空氣作冷源，這在實踐中有成功的案例當室外濕球溫度較低時，用經過冷卻塔的循環水作為冷源，是提供免費冷源的一種很好的方法。對全年空調運行都要提供冷媒水的系統，利用這種免費冷源可大量降低運行費用，還降低了碳排放，是個一舉兩得的好事。利用這種天然冷源的通常做法是將冷卻塔循環的水通過板式換熱器和制冷系統的冷媒水進行熱交換，這樣可以避免進冷卻塔的水和大氣接觸，造成水質太差而影響制冷機的熱交換器正常運行。以這種形式作為冷源可以和電制冷結合起來使用。當室外空氣濕球溫度不能滿足冷媒水對水溫的要求時，可以開啟部分電制冷機，隨著室外濕球溫度的降低，可以逐步地將電制冷機減少運行量，直到電制冷機全部關閉。
這種形式的天然冷源（免費冷源）無論在國外還是國內都有很多成功的案例，初投資的增加很快就可以從減少的運行成本中回收。
二、熱源的選擇
在潔凈空調系統中，熱源一般有熱水、蒸汽和電加熱。
1.熱水
熱水是比較好的熱源，不僅調節和管理方便，而且被處理的空氣的品質也好，在潔凈室內工作的人員感覺會比較舒適，對送風溫度的控制也比較容易而且精度高很多。有蒸汽源的工程都將蒸汽通過板式換熱器交換成熱水作為加熱源。以熱水作為熱源，水溫可以取45-90℃，水溫差一般取5-20℃。供水溫度和溫差要根據工程的實際情況來決定。如用熱泵機組作為熱源，它能提供的水溫不會高于45℃，因此供回水的溫差也就取5℃，這樣就要求空調箱內加熱器的加熱面積要大，在空調箱這方面的初投資就增加了。如有熱水鍋爐或用蒸汽通過板式換熱器制成熱水，則水溫的選擇范圍很大，若選擇進水溫度高且溫差大，那空調箱內的換熱器面積就選擇小些。這樣初投資可以減少，但對送風溫度控制的精度就會相對差一些，空氣的舒適度也不如低水溫的好。
2.蒸汽
用蒸汽直接作為熱源時，舒適度較差，管理也比較麻煩，控制溫濕度的精度也較差，但它的最大優點就是初投資較省。
一般用蒸汽作為熱源，在輸送過程中采用的蒸汽壓力比較高，因為高壓輸送蒸汽成本低，沿程阻力所占降壓比例很小。高壓蒸汽到達使用點時，根據加熱器的承壓要求，就近進行減壓處理，然后再給加熱器使用，凝結水經過疏水器進入凝結水回收管送回鍋爐房。排污水要經過排污降溫池處理后再排入下水管。
3.電加熱
用電加熱作為加熱源時控制靈活、方便、精度高，節省初投資。但是，電加熱的效率低，運行費用會很高，而且電是高品位能源，用電加熱不符合能量梯級利用的原則。從節能的角度上電加熱作為主熱源是不允許的。不過在潔凈空調系統中用電加熱作為溫濕的微調還是有必要的。
三、加濕方式
空氣加濕的方式很多，有電極加濕、電熱加濕、超聲波加濕、濕膜加濕、高壓噴霧（微霧）加濕和干蒸汽加濕等。潔凈空調系統是對空氣的潔凈度有要求的，選擇加濕方式時要考慮到不影響或少影響空氣的潔凈度?？照{箱內的空氣加濕段應設置在加熱段之后，中效過濾段之前。加濕段往往是容易產生細菌的地方，生物潔凈空調系統還必須要有滅菌措施。
在選擇加濕方式時，若有蒸汽供應應首先考慮干蒸汽加濕的方式，最好是利用二次蒸汽來加濕。二次蒸汽就是利用鍋爐房或集中供熱站提供的一次蒸汽來加熱純水產生的蒸汽。這種二次蒸汽加濕不會產生對潔凈度的影響。若采用電熱加濕器加濕，也要采用純水作為水源，但電極加濕是不能用純水作為水源的。在潔凈空調系統中采用其他加濕方式也應該對水質有更高的要求。
在空氣焓濕圖上可以看到有兩種加濕過程：一種是等溫加濕過程，另一種是等焓加濕過程。前面講到的干蒸汽加濕、電熱加濕、電極加濕均屬等溫加濕，就是使空氣溫度不變，焓值增加，絕對濕度和相對濕度增加；其他如濕膜加濕、高壓噴霧（微霧）加濕、噴淋循環水加濕均屬于等焓加濕，在處理過程中空氣沿著等焓線絕對濕度和相對濕度增加，溫度下降。
四、去濕方式
空氣去濕的方法有冷凍去濕、轉輪去濕或固體吸濕劑去濕、噴淋吸濕劑去濕、加熱去濕等。采用何種方式降低空氣中的含濕量應根據工程的情況而定。在空氣焓濕圖上看空氣去濕的處理過程有兩種：一種是降溫去濕，是用表冷器和噴淋低溫水的方法，但水溫必須低于空氣的露點溫度才能起到去濕的作用；還有一種是等焓去濕過程，如轉輪去濕，過程中空氣的溫度是沿等焓線上升。
