對于一個凈化工程的廠房，其設計、施工和管理應同等重要。潔凈室的管理包括維護和使用兩個方面。維護就是維持原設計狀態(tài)的措施，管理的對象是整個凈化系統(tǒng)；使用就是與凈化要求相一致的正確的作業(yè)方法，管理的對象是人。
在維護管理方面，一些企業(yè)沒有建立起一套有效的使系統(tǒng)和設備正常運轉的措施，如過濾器清洗、更換周期的制定；大部分企業(yè)凈化空調機組沒有安裝過濾器阻力監(jiān)測裝置；一些企業(yè)對潔凈室日常監(jiān)測做得不夠，對凈化工程系統(tǒng)的運行狀況不能及時了解，從而無法將室內產(chǎn)塵、產(chǎn)菌控制在設計要求之下并有效地阻止塵菌由非潔凈區(qū)侵入。在使用管理方面，一些企業(yè)對凈化概念理解不深，認為只要建起了一個好的潔凈室，產(chǎn)品質量就能保證，卻忽視了對人的管理和相應制度的建立，如操作人員穿著白大褂在潔凈室內工作的情形在少數(shù)企業(yè)里仍能見到。
