對于一個凈化工程的廠房，其設計、施工和管理應同等重要。潔凈室的管理包括維護和使用兩個方面。維護就是維持原設計狀態的措施，管理的對象是整個凈化系統；使用就是與凈化要求相一致的正確的作業方法，管理的對象是人。
在維護管理方面，一些企業沒有建立起一套有效的使系統和設備正常運轉的措施，如過濾器清洗、更換周期的制定；大部分企業凈化空調機組沒有安裝過濾器阻力監測裝置；一些企業對潔凈室日常監測做得不夠，對凈化工程系統的運行狀況不能及時了解，從而無法將室內產塵、產菌控制在設計要求之下并有效地阻止塵菌由非潔凈區侵入。在使用管理方面，一些企業對凈化概念理解不深，認為只要建起了一個好的潔凈室，產品質量就能保證，卻忽視了對人的管理和相應制度的建立，如操作人員穿著白大褂在潔凈室內工作的情形在少數企業里仍能見到。
